番雅沟：线西乡、鹿港镇

        港口溪：满州乡

        宝来溪

        大竹溪：大武乡、太麻里乡

        汉宝溪：福兴乡、芳苑乡

        盐水溪：安南区、安平区

        大溪：牡丹乡

        金崙溪：太麻里乡

        乌溪：台中市龙井区、彰化县伸港乡

        社口溪

        大湖口溪

        隘寮溪

        利嘉溪：台东市

        三叠溪

        朴子溪：东石乡

        卡社溪

        彰化县

        浊水溪：大城乡、云林县麦寮乡

        员林大排：鹿港镇、福兴乡

        四重溪：车城乡

        竹坑溪：枋山乡、车城乡

        乌万溪（大鸟溪）：大武乡

区

        社皆坑溪：车城乡

        清水大排水沟（米粉寮溪）：清水区

        文里溪（北太麻里溪）：太麻里乡

        旭海溪：牡丹乡

        浊口溪

        拉库音溪

        后堀溪

        港子溪：满州乡

        七里溪：枋山乡

        东港溪：新园乡、东港镇

        新虎尾溪：麦寮乡、台西乡

        水里溪

        卑南溪：台东市

        津林溪（加津林溪）：大武乡

        乾溪：牡丹乡

        内寮溪：枋寮乡

        郡大溪

        安朔溪：达仁乡、大武乡

        高雄市

        南港溪

        清水溪

        八掌溪：嘉义县布袋镇、台南市北门区

        猫罗溪

        埤日溪：满州乡

        旧浊水溪：福兴乡

        二林溪：芳苑乡

        阿公店溪：永安区、弥陀区

        加走寮溪

        龙溪：布袋镇

        林边溪：林边乡、佳冬乡

        二仁溪：台南市南区、高雄市茄萣区

        洋子溪（洋仔厝溪）：鹿港镇

        台东县

        二仁溪：南区、高雄市茄萣区

        屏东县

        前溪

        七溪：七区

        太麻里溪：太麻里乡

        云林县

        枋山溪：枋山乡

        鹿寮溪：满州乡

        万大溪

        曾文溪：七区、安南区

        后劲溪：楠梓区

        鹿耳门溪：安南区

        高屏溪：高雄市林园区、屏东县新园乡

        乌溪：龙井区、彰化县伸港乡

        南势湖溪：枋山乡

        十里溪：枋寮乡（地图未标示）

        急水溪：北门区

        太平溪：台东市

        鱼寮溪：大城乡

        保力溪：车城乡

        美溪

        北港溪：云林县口湖乡、嘉义县东石乡

        九棚溪：满州乡

        眉溪

        重溪

        朝庸溪：大武乡

        溪仔口溪：满州乡

        北港溪：口湖乡、嘉义县东石乡

        台南市

        塔瓦溪：牡丹乡、台东县达仁乡

        高屏溪：林园区、屏东县新园乡

        达仁溪：达仁乡

        知本溪：太麻里乡、台东市

        丹大溪

        南仁鬱溪：满州乡

        鹿野溪

        八掌溪：布袋镇、台南市北门区

        石牛溪：恆春镇

        率芒溪（士文溪）：枋寮乡、枋山乡

        刣牛溪：恆春镇

        牛挑湾溪：口湖乡

        枫港溪：枋山乡

        前镇河：前镇区

        南兴溪：大武乡

        狮子溪：枋山乡

        菜寮溪

        嘉义县

        南湖溪

        大石盘溪（石盘溪）：枋山乡

        志乐溪

        塔瓦溪：屏东县牡丹乡、台东县达仁乡

        无水溪：满州乡

        爱河：鼓山区、苓雅区

        典宝溪：梓官区、楠梓区

        将军溪：北门区、将军区

        大武溪：大武乡

        白水溪

        浊水溪：彰化县大城乡、云林县麦寮乡

        安良港大排（南势溪）：清水区

        陈有兰溪

        旗山溪

        万丈深坑溪：满州乡

        荖溪

        拉布拉溪：太麻里乡

        合欢溪

        后港溪：芳苑乡

        旧虎尾溪：台西乡、四湖乡